Von den etwa 6’500 in der Schweiz zugelassenen Arzneimitteln bietet das Institut eine Auswahl von etwa 1'500 an.

Das Arzneimittelangebot der Schweiz setzt sich zusammen aus patentgeschützten Präparaten, Originalpräparaten mit abgelaufenem Patentschutz und Nachahmerprodukten. Aus dem so entstandenen Angebot wird eine Auswahl nach therapeutischen und wirtschaftlichen Kriterien getroffen. 

Für die Auswahl der Arzneimittel zeichnet die Arzneimittelkonferenz der Spital Thurgau AG verantwortlich, welche vom Institutsleiter präsidiert wird. Das einheitliche Arzneimittelsortiment hat Gültigkeit für die gesamte Spital Thurgau AG als auch die angeschlossenen Drittspitäler.

Die Auswahlkriterien werden nach dem Primat der Sicherheit angewandt:

• Therapeutischer Wert 
• Pharmakologisches Profil
• Einfache Zubereitung und Applikation
• Dokumentation
• Stabilität und Haltbarkeit
• Galenik
• Präsentation und Beschriftung
• Wirtschaftlichkeit